Родился 5 июля 1976 г. в Москве. Крещен в младенчестве.
В 1993 году окончил Московский технический лицей №1.
В 1993-1997 годах обучался в Московском государственном технологическом университете «Станкин» на факультете информационных технологий по специальности «Системы автоматизированного проектирования». Присуждена степень бакалавра техники и технологий по направлению «Автоматизация и управление».
В 1997 году поступил послушником на московское подворье Троице-Сергиевой лавры. В 1998 году принят в число братии Троице-Сергиевой лавры.
В 1998-2002 годах обучался на заочном секторе Московской духовной семинарии.
1 апреля 1999 года на московском подворье Троице-Сергиевой лавры игуменом Лонгином (Корчагиным) пострижен в монашество с именем Пахомий в честь преподобного Пахомия Великого.
23 июля 2000 года в храме Всех святых на Соколе города Москвы архиепископом Бронницким Тихоном рукоположен в сан иеродиакона.
В 2003 году переведен в Саратовскую епархию.
28 августа 2003 года в соборе Сошествия Святого Духа города Саратова епископом Саратовским и Вольским Лонгином рукоположен в сан иеромонаха.
С 29 августа 2003 года служил в Архиерейском храме в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали».
3 декабря 2003 года назначен экономом, а 23 января 2004 года — настоятелем Свято-Троицкого собора г. Саратова.
29 марта 2004 года удостоен права ношения наперсного креста.
11 января 2006 года назначен председателем архитектурно-реставрационного отдела Саратовской епархии.
8 апреля 2007 года возведен в сан игумена.
24 апреля 2011 г. удостоен права ношения палицы.
В 2005-2011 годах являлся духовником Саратовского регионального общества трезвости и здоровья. С 2007 года — преподаватель в Саратовской духовной семинарии. С 2007 года — член Президиума регионального отделения Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. В 2008-2010 годах — член Общественной палаты Саратовской области.
Решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 года (журнал № 136) избран епископом Покровским и Николаевским.
14 октября 2011 года возведен в сан архимандрита.
3 декабря 2011 года в Патриарших покоях кафедрального соборного Храма Христа Спасителя состоялось наречение архимандрита Пахомия во епископа Покровского.